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・京葉車両センター
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京葉線で使用されている201系の置き換えを目的（中央線快速からの転属車は除く）として、2006年（平成18年）３月に量産先行車が製造された。ＪＲ鉄道車両で初の営業運転を行う連接車。
第１編成は、2006年３月に２回に分けて７両ずつ車両メーカー（東急車輛製造・川崎重工業）から甲種車両輸送された。
軽量ステンレス車体で、前面形状は山手線用のE231系500番台と類似しているが、車端部のオーバーハングがなく、台車中心間距離が短い連接式であることから、車体幅は従来の車両より39mm広い2,989mmで、車体全長は13.4mを基本とし、片方の台車をその車両に属することとしている。ただし、先頭車（制御車）のクハE331形・クハE330形および編成分割部の付随車のサハE331形1000番台・サハE330形は16.5mである。
E993系（ＡＣトレイン、現在は廃車）と同様に客用ドアの数は１両当たり３か所となっている。なお、同系列で採用された外吊り戸は本系列では採用されず、戸袋にドアを収納する従来タイプとされた。
窓枠はE231系のような１段下降式ではなく、209系や東京臨海高速鉄道70-000形の開閉化改造窓のような下段固定・上段下降式である。
１編成14両で構成されているが、編成の長さは既存車両（20m車）の10両編成と同一である。14両は全て連接化されているわけではなく、７両の連接編成２本が組み合わされている。そのため、台車の数は合計16となる。検査などの際は連接編成を分割して行うことがある。
視認性を向上するため、各ドアの端部にE531系で採用した黄色いテープを高さいっぱいに貼付し、通路際の床材の色を黄色とするとともにドアチャイムとドアランプを搭載している。また、自動放送装置を搭載するとともに各ドアの上部にはE231系500番台などと同一の液晶モニタを2基搭載し、右側は行先・次の駅・乗り換え案内・運行情報などを、左側はトレインチャンネルとしてニュース・天気予報・CMなどをそれぞれ放映している。また、新たな運行情報が入電された時はアラートが鳴動し、また始発駅を発車した時点で入電されている時は最初から鳴動する。
つり革は、E993系やE531系では黒色だったが、本系列では白色を採用した。なお、優先席付近は2008年初頭頃にオレンジ色のものに交換した。また、車椅子スペースの他、車椅子でスムーズな乗降ができるように専用の格納式電動スロープを設置している。
先頭車中央の座席はロングシートとセミクロスシートの両方に対応しているので、座席の中央の部分を回転させるとロングシートからクロスシートに変更することが可能である。これは仙石線で運用されている205系3100番台の「2wayシート車」（近畿日本鉄道の「L/Cカー」と類似）とは異なり、かつて209系3000番台で試験が行われた可変座席と近い構造である。なお、座席モケットの柄はE231系500番台と同一である。
2007年から2010年までの３年間にわたり、京葉線で営業運転を兼ねながらの試験走行を行い、DDMや連接台車化によるメリット（検査面・コスト面）を調査し、量産に踏み切るかを判断する予定でいた。
なお一方で、京葉線では2010年7月1日から同線用としてE233系5000番台を導入し、201系・205系を順次置き換えている。本系列は置き換え対象から外れ、また度重なる障害から営業運転からも外れ、京葉車両センター内にて長期留置。そして2014年４月、ついに長野へ廃車配給され、異彩を放つ編成に後継機も生まれることなく、この系式に終止符を打った。
（「Wikipedia」より一部改）
＜2006年 3月 9日 東急車輛製・2006年 3月21日 川崎重工製＞ （2014年 4月 2日 長野廃車配給済）
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| 【 1295Y：南船橋駅】 | 【 1394Y：新浦安駅】 |
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| 【 1595A：舞浜駅】 ◇HM | 【 1194A：撮影地不明】 ◇HM |
