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3000番台4両編成(A編成)23本(92両)、3000番台3両編成(A編成)14本(42両)が配置。
3両編成は2本ずつ併結、6両編成7本のC編成とされたうえで運用。3両単独での運用はない。
C編成の組み合わせは、C2(A7+A6)、C4(A5+A4)、C6(A21+A19)、C17(A12+A11)、C8(A29+A22)、C13(A14+A8)、C15(A47+A15)となっている。
現在は、上越線(高崎~水上間)、信越本線(高崎~横川間)、吾妻線、両毛線の普通列車で運用。
2000年にはE231系の導入で小山電車区(現在の小山車両センター)からA編成後期車(当時のA47~A62編成)が転入し、最盛期にはA編成62本とB編成11本の計365両が配置された。
E231系に合わせた組成変更の際に使用されたグリーン車は、東海道本線・伊東線の113系置き換えで余剰となった二階建てグリーン車を活用することにより、一部は田町車両センターの車両と差し替えのうえ、2005年(平成17年)12月10日のダイヤ改正から運転を開始し、翌2006年(平成18年)9月17日までにA編成34本がグリーン車組み込みのC編成17本に組み替えられた。なお、転用の際にグリーン車Suicaシステムの設置や寒冷地仕様への改造が実施されている。当時のC1~C12編成のグリーン車は、元田町車両センター配置の211系0番台の平屋グリーン車+二階建てグリーン車を1000番台に改造した車両で、C13 - C17編成のグリーン車は元国府津車両センター配置の113系二階建てグリーン車を211系に改造編入し、1100番台にした車両であった。2006年7月8日のダイヤ改正で、上野発着の宇都宮線・高崎線の列車のすべてにグリーン車が連結されたため、一部編成がグリーン車を連結せずに余剰となった。このため、宇都宮線宇都宮以北や両毛線での付属編成の運用が増加したほか、一部の3000番台(14編成・計70両)は千葉支社管内で運用されている113系を置き換える目的で幕張車両センターへ転出し、同年10月21日から総武本線・成田線をはじめとする千葉支社管内での運用を開始した。帯色変更は大宮総合車両センターなどで施工された。なお、グリーン車と入れ替えたことにより余剰となった付随車(サハ211形)は転用などは行われず、長野総合車両センターに廃車回送され、同センターで解体。かつてはクモハ211形前面に貫通幌が装着されていたが、2006年7月改正以降撤去された(C編成の3号車を除く)。
E233系の投入により、2012年9月より順次長野総合車両センターへの配給輸送が行われた。また、配給輸送された各編成は長野総合車両センターにて組み換えが行われ、運行開始までは各地に疎開留置された。グリーン車を含む付随車は廃車が進むとともに、2013年度より制御車・電動車は長野総合車両センターへの転出が進められた。
2004年10月16日ダイヤ改正以前は湘南新宿ライン(東海道線小田原駅・横須賀線逗子駅まで)にも運用されていた。また、2009年3月14日改正で信越本線(高崎~横川間)での運用を終了したが、のちに再開。
2013年3月15日をもって宇都宮線(大宮~小金井間)での運用から撤退するとともに、同線におけるC編成を使用した10両編成、C編成にA編成またはB編成を連結した15両編成の運用が消滅した。
2014年3月14日には、宇都宮線(上野~大宮間)・高崎線・上越線(高崎~新前橋間)・両毛線(新前橋~前橋間)におけるC編成を使用した10両編成、C編成にA編成またはB編成を連結した15両編成の運用も終了した。
2014年3月24日をもって、宇都宮線(宇都宮~黒磯間)における付属編成単独の運用を終了したが、2016年3月26日より、両毛線直通列車で運用が再開された。
2016年8月末ごろより2018年3月にかけて、107系、115系の運用を置き換えた。
(「Wikipedia」より一部改)
〔①~③1986. 2.21 近畿車輛製 ④~⑥1986. 2.27 近畿車輛製〕 2016年 8月12日 大宮改造
〔①~③1986. 2.17 日立製作所製 ④~⑥1986. 2.21 近畿車輛製〕 2016年12月 1日 大宮改造
〔①~③1986. 2.17 日本車輛製 ④~⑥1986. 2.21 日本車輛製〕 2017年 8月18日 大宮改造
〔①~③1986. 5.22 日立製作所製 ④~⑥1986. 4.22 川崎重工製〕 2016年 9月 1日 大宮改造
〔①~③1986. 4. 1 近畿車輛製 ④~⑥1986. 2.27 近畿車輛製〕 2017年 1月31日 大宮改造
〔①~③1986. 4. 1 近畿車輛製 ④~⑥1990. 4.12 川崎重工製〕 2017年 6月29日 大宮改造
〔①~③1986. 3. 7 川崎重工製 ④~⑥1986. 3.12 川崎重工製〕 2016年12月20日 大宮改造
〔1986年 1月17日 川崎重工製〕 2017年 3月 3日 大宮改造(元タカC1編成①⑦②③)
〔1986年 1月17日 川崎重工製〕 2017年 2月24日 大宮改造(元タカC1編成⑤⑧⑨⑩)
準備中(現車長期運用離脱中)
〔1986年 3月18日 日本車輛製〕 2017年 3月10日 大宮改造(元タカC16編成①⑦②③)
〔1986年 3月18日 日本車輛製〕 2017年 3月28日 大宮改造(元タカC16編成⑤⑧⑨⑩)
〔1988年 3月31日 川崎重工製〕 2016年 8月12日 大宮改造(元編成より⑫抜)
〔1988年 3月31日 川崎重工製〕 2017年 2月20日 大宮改造(元編成より⑫抜)
〔1988年 4月19日 川崎重工製〕 2016年11月29日 大宮改造(元編成より⑫抜)
〔1988年 4月19日 川崎重工製〕 2016年 7月29日 大宮改造(元編成より⑫抜)
〔1988年12月16日 東急車輛製〕 2016年11月11日 大宮改造(元編成より⑫抜)
〔1990年 4月26日 川崎重工製〕 2016年 9月 6日 大宮改造(②←元タカA52編成⑫)
〔1990年 4月26日 川崎重工製〕 2016年 9月 7日 大宮改造(元編成より⑫抜)
〔1991年 9月 5日 川崎重工製〕 2016年10月 7日 大宮改造(②←元タカA57編成⑫)
〔1991年 9月 5日 川崎重工製〕 2016年 9月30日 大宮改造(元編成より⑫抜)
〔1991年 3月12日 川崎重工製〕 2016年10月28日 大宮改造
〔1991年 3月12日 川崎重工製〕 2016年10月25日 大宮改造
〔1991年 9月25日 川崎重工製〕 2017年 1月18日 大宮改造
〔1991年 9月25日 川崎重工製〕 2017年 1月18日 大宮改造
〔1988年12月16日 東急車輛製〕 2017年 5月11日 大宮改造(元編成より⑫抜)
〔1989年 1月12日 東急車輛製〕 2017年10月18日 大宮改造(元編成より⑫抜)
〔1989年 1月12日 東急車輛製〕 2017年 8月25日 大宮改造(元編成より⑫抜)
〔1989年 1月26日 東急車輛製〕 2017年 5月26日 大宮改造(元編成より⑫抜)
〔1989年 7月10日 川崎重工製〕 2017年 9月26日 大宮改造(元編成より⑫抜)
〔1989年 8月12日 川崎重工製〕 2017年 5月18日 大宮改造(元編成より⑫抜)